Historien bakom höjdskillnaderna i landskapet är betydligt äldre än den senaste istiden. För ungefär 600 miljoner år sedan var berggrunden i Höga Kusten och Kvarkens skärgård nednött till en jämn yta, det så kallade peneplanet. Spänningar i jordskorpan förorsakade sprickor och förändringar och delar av jordskorpan sköts uppåt – inklusive det som idag kallas Höga Kusten.

Det högtliggande landskapet var utsatt för erosion och nöttes med tiden ner. Vissa delar av berggrunden hade fler sprickor i sig än andra och eroderades därför mera. Sprickorna i berggrunden blev småningom till dalar och vikar. Bergstopparna i dagens Höga Kusten är alltså resterna av det gamla peneplanet och runt Östersjön är det bara i Höga Kusten som bergen når ända ner till havet.

I Kvarkens skärgård finns det gamla peneplanet fortfarande kvar och det är därför som Kvarkens skärgård är så platt. Eftersom området låg lägre än Höga Kusten var erosionen inte lika kraftig. I Kvarkens skärgård är havsdjupet som mest 25 meter och den högsta punkten ligger lite mer än 20 meter över havsytan. Som jämförelse är havet utanför Höga Kusten 290 meter djupt och de högsta höjderna når 350 meter.